O Instituto Butantan possui quatro museus. Os três primeiros estão localizados no Campus Butantan e o Museu de Saúde Pública no bairro do Bom Retiro.
O primeiro museu do Instituto Butantan, localizado em um edifício histórico (antiga cocheira de imunização construída antes dos anos ‘20), é reconhecido internacionalmente por ser um dos únicos museus do mundo a apresentar uma exposição viva e permanente. A coleção original teve início nos primórdios do século XX, com Vital Brazil, seu primeiro diretor, que a utilizou para difundir ciência à comunidade externa, dando início à atual coleção científica do Instituto. Hoje, o acervo é composto por serpentes, iguanas, aranhas e escorpiões, nativos e exóticos.
O museu conta com uma exposição zoológica viva e permanente onde serpentes, aranhas e escorpiões podem ser vistos em recintos que recriam seu ambiente (biodioramas). Além disso, outros animais como lagartos, peixes e insetos também fazem parte da exposição.
No Museu Biológico, a maior parte é de representantes da fauna brasileira e a exposição objetiva apresentar animais vistos comumente como assustadores ou nojentos em seu contexto ambiental natural, ressaltando a importância dos diferentes organismos na manutenção dos ecossistemas. Além disso, painéis e placas trazem informações específicas sobre veneno e acidentes ocasionados por estes animais. No seu anexo, o Horto Oswaldo Cruz, realizam-se atividades educativas com temas variados, que podem ser agendadas: Oficina “Saiba Mais”, Animais Peçonhentos e Artrópodes. Mais recentemente iniciou o “Projeto Passarinhar”, com observação de aves do campus Butantan.
Concebido pelo professor Isaías Raw e construído com auxílio da FAPESP e da Fundação Vitae, foi inaugurado em 2002 e faz parte do complexo científico e cultural do Instituto Butantan. Sua principal missão é estimular a curiosidade científica nos jovens e propiciar oportunidades de aproximação entre a cultura científica e o público em geral, por meio da exposição e de suas ações educativas. Sua missão é, ainda, a de constituir-se como um importante espaço de divulgação das atividades desenvolvidas pelo Instituto Butantan.
O espaço abriga uma exposição de longa duração, onde os visitantes realizam uma viagem interativa pelo mundo invisível dos microrganismos. Computadores com filmes, animações, atividades interativas, microscópios, painéis, modelos tridimensionais de bactérias, vírus e protozoários explicam as bases da Microbiologia e revelam o que são os chamados germes ou micróbios. Há também uma exposição interativa e lúdica para crianças de 4 a 6 anos com o objetivo de aproximá-las do mundo dos microrganismos.
O Museu de Microbiologia oferece cursos de extensão para professores e de divulgação científica, além de atividades em seu laboratório didático para grupos escolares do ensino médio. Elaborou e produziu seis kits didáticos para a realização de experimentos na escola ou em casa, com a finalidade de instigar a curiosidade científica nas crianças e jovens, além de softwares, jogos educativos e filmes relacionados à microbiologia. Atende a grupos escolares com visitas agendadas e roteiros diferenciados para as diferentes faixas etárias.
Nos fundos do salão de exposição há a “Praça dos Cientistas”, onde se encontram bustos de renomados pesquisadores importantes para o desenvolvimento da micro e imunologia. Todos eles com placas explicativas em português e em inglês, com legendas em Braille e áudiodescrição. O Museu desenvolveu também um programa para pessoas com deficiência visual denominado “MicroToque”, com a maquete do Museu e quatro modelos de microrganismos próprios para o toque, com legendas em Braille. Acompanha áudiodescrição em todos esses materiais.
Também realiza exposições temporárias com temas atuais que não estão contemplados em sua exposição de longa duração.
O Museu Histórico tem como objetivo a pesquisa, a preservação e a divulgação da história das ciências e da saúde, especialmente do Instituto Butantan. Em conjunto com o Museu Biológico e o Museu de Microbiologia, o Museu Histórico está comprometido com a responsabilidade social de ampliação do acesso aos acervos institucionais, atendimento e fortalecimento da relação com o público visitante dentro de um processo contínuo de renovação e formação crítica.
Criado em 1981, foi reconstruído e instalado na cocheira adaptada para abrigar o laboratório onde Vital Brazil havia desenvolvido e entregue às autoridades sanitárias as primeiras ampolas de soros antipestosos.
A exposição, com cerca de 280 m², apresenta parte do piso e parede originais, e objetos dos laboratórios de pesquisa e da produção do Instituto Butantan.
O Museu Histórico também realiza exposições temporárias em parceria com laboratórios do Instituto Butantan e outras instituições sobre temas relacionados à história da ciência e da saúde.
O Museu de Saúde Pública Emílio Ribas localiza-se no tradicional bairro do Bom Retiro, na rua Tenente Pena, 100, próximo a outras instituições culturais como a Pinacoteca do Estado, Memorial da Resistência, Sala São Paulo, Museu da Língua Portuguesa, Museu de Arte Sacra e Museu da Energia. Fica próximo também da rua José Paulino, conhecida como um dos polos de vestuário do Estado.
Especializado em história da saúde pública, o museu está instalado em um edifício construído em 1893, onde em 1880, como Hospital de Isolamento, Emílio Ribas realizou experiências pioneiras sobre a febre amarela. Reconhecido como patrimônio cultural de São Paulo, o local abrigou o antigo Desinfectório Central – um dos primeiros equipamentos de saúde pública da cidade, cuja presença física estimula a curiosidade sobre o desenvolvimento das ciências biomédicas e das políticas públicas na área da saúde.
Foi criado em 1965 pela Secretaria de Estado da Saúde e, em 2010, o Museu foi transferido para o Instituto Butantan, integrando-se à estrutura do Centro de Desenvolvimento Cultural. Atualmente, oferece acesso aos acervos históricos para pesquisa e elaboração de aulas, além de promover exposições e atividades educativas para o público escolar a partir do ensino fundamental II e para a população em geral a partir dos 12 anos.